Будущий режиссер появился на свет 9 мая 1975 года в Барселоне. Он с детства любил смотреть фильмы, но после окончания школы стал журналистом. Затем Хуан начал посещать Каталонскую киношколу, в которой занимался изучением режиссуры.
Короткометражки
В 1993 году в Испании проходил кинофестиваль «Ситжес», во время которого Байона встретил известного испанского режиссера Гильермо Дель Торо. Тот взял молодое дарование под свое крыло.
После окончания киношколы Байона снимал короткометражки и музыкальные клипы. В 1999 году состоялась премьера его короткометражной ленты «Мои каникулы», а через три года в таком же формате он снял «Человека-губку». К этому фильму Хуан написал сценарий и занимался его продюсированием. В 2004 году вышла новая короткометражка Байоны «Десять лет с Камелой», а через год он снял сразу две ленты в коротком формате – «Тьерра-де-Хевиа» и «Мы бросили жребий».
Также Хуан подрабатывал актером. Его можно увидеть в нескольких малоизвестных фильмах.
«Приют»
В 2004 году в кругу знакомых Байоны появился еще один известный испанский кинематографист Серджо Дж. Санчез. Он дал почитать Хуану свой сценарий, по которому молодой режиссер поставил полнометражную картину. Премьера «Приюта» состоялась в 2007 году. Стоит отметить, что расходы на производство фильма были превышены Байоной в два раза. Кроме того, он снимал этот триллер целых три года, неоднократно выбиваясь из графика. Но все было не зря. Картина испанского режиссера числилась в номинантах «Оскара». На Каннском кинофестивале после завершения показа «Приюта» в зале разразилась овация, которая длилась в течение десяти минут.
Этот фильм стал для Байоны пропуском в мир большого кинематографа. В Испании картина собрала вторую в истории национального кино кассу. Хуана отметили многочисленными испанскими титулами и премиями, в том числе «Гойей».
«Невозможное»
В 2012 году состоялась премьера «Невозможного». Действие картины разворачивается на восемь лет раньше во время цунами. Над сценарием фильма работал знакомый по «Приюту» испанский кинодраматург Серджо Дж. Санчез. Картина стала обладателем пяти статуэток «Гойи», а Байона – лучшим режиссером года. Всего номинаций у «Невозможного» было девять.
«Голос монстра»
В 2016 году состоялась премьера «Голоса монстра» — драматической ленты в жанре фэнтези, которую поставил испанский режиссер. Главным героем фильма является мальчик Коннор, который в своих снах видит ужасного монстра. В особо тяжелые моменты жизни ребенка с ним происходят невероятные события. Вместо старого тисового дерева во дворе своего дома Коннор видит огромное страшное существо, которое каждую ночь делится с мальчиком историями. Со временем ребенок превозмогает в себе детские страхи и становится сильнее.